Cơn bão số 9 hay bão Eve, đổ bộ vào khu vực Trung Trung Bộ ngày 20 tháng 10 năm 1999 gây ra mưa lớn ở Trung Bộ đi kèm gió mạnh, đã làm 15 người thiệt mạng.[8][9][10] Ba ngày sau, xuất hiện một áp thấp nhiệt đới trên biển Đông và tiếp tục gây mưa lớn cho khu vực Trung Bộ.[8] Một tuần lễ sau, ngày 1 tháng 11 năm 1999, một đợt gió mùa Đông Bắc mạnh tràn xuống Việt Nam, ban đầu ảnh hưởng đến các tỉnh Bắc Bộ sau đó lan xuống các tỉnh Trung Bộ. Cùng lúc đó không khí lạnh gặp dải thấp xích đạo[lower-alpha 1] tác động đến miền Trung Việt Nam, kết hợp với các nhiễu động của đới gió đông trên cao hội tụ lại thành một hình thế thời tiết trút hàng loạt trận mưa xuống dải đất này.[2][11] Liền sau đó, ngày 5 tháng 11 một áp thấp nhiệt đới hình thành trong hệ thống thời tiết trên và tiếp tục mang mưa ẩm đến miền Trung. Áp thấp nhiệt đới đã đổ bộ và tan cùng ngày hôm đó trên đất liền Nam Trung Bộ.[8]

Do ảnh hưởng của hệ thống thời tiết trên, từ ngày 1 đến ngày 6 tháng 11 ở các tỉnh miền Trung đã xảy ra mưa lớn với lượng mưa từ 600–1000 mm.[12] Mưa tại tỉnh Thừa Thiên Huế với vũ lượng rất lớn; nhiều điểm tại tỉnh này mưa dồn dập khoảng 1.000 mm trong 1 ngày,[13] trong đó nổi bật là tại thành phố Huế với lượng mưa 2 ngày đêm là 2.288 mm,[14][15] và tổng lượng mưa ở Huế được xem là gần bằng tổng lượng mưa trung bình cả năm cộng lại.[2]

Mưa lớn dồn dập đã gây ra một đợt lũ lụt diện rộng tại các tỉnh Trung Bộ, nhiều điểm đạt tới mức báo động 3 và trên báo động 3.[lower-alpha 2] Đặc biệt, trên một số sông đã đạt giá trị xấp xỉ hoặc vượt mức lũ lịch sử và được xem là lớn nhất trong vòng từ 70-100 năm qua. Đáng chú ý trong đó lũ trên sông Hương lên nhanh, biên độ lũ dao động tới mức 1 mét trong 1 giờ; đạt đỉnh ở mức 5,94 mét vào lúc 14 giờ (theo giờ Việt Nam) ngày 2 tháng 11 năm 1999. Trên nhiều sông đã xảy ra các trận lũ quét.[16]

Một nguyên nhân gián tiếp dẫn đến đợt mưa lũ này là vào năm 1999 Việt Nam chịu tác động của hiện tượng La Niña.[17][18][19] Ngay sau khi đợt El Niño kỷ lục 1997-1998 kết thúc, hiện tượng La Niña xuất hiện vào cuối năm đó[20] và kéo dài từ năm 1998 đến năm 2001, trong đó giai đoạn 1998-2000 là cường độ trung bình và 2000-2001 với cường độ yếu.[21] Ngoài gây ra các đợt rét đậm, rét hại kéo dài,[17] La Nina cũng là tác nhân chính dẫn đến các trận bão dồn dập ở Nam Trung Bộ (cuối năm 1998), lũ lớn ở Trung Bộ (năm 1999) và Nam Bộ (năm 2000).[18][22]